İki FBI ajanı, Fox Mulder ve Dana Scully, açıklanamayan paranormal olaylarla ilgili vakaları araştıran X-Files adlı büronun atanmamış bir detayında çalışıyorlar. Gerçek bir inanan olan Mulder ve bir şüpheci olan Scully, vakalarını bilim ve paranormal açılardan algılar.