Kral Bowser Koopa ile bir önceki savaştan çok sonra, Mantar Krallığı tekrar güvendeydi. Mario bir gece uyudu ve garip bir rüya gördü: O, Luigi, Toad ve Prenses Toadstool, mermi tüküren yılanlar, yürüyen kaktüsler ve bomba atan kuşlar gibi garip varlıklarla dolu Subcon adlı garip bir dünyaya geldiler. Ayrıca, toprak, sebzelerden nefret eden mutant bir kertenkele olan ortalama Siğil tarafından yönetiliyor, bu yüzden bir kez daha Mario ve Luigi, Toad ve Princess Toadstool ile birlikte, her nerede gizleniyorsa, kötülüğü durdurmak zorundadır: buz topraklarında, ormanda, yüksek gökyüzünde, mağaralarda, sihirli kapılarda ve sonunda Wart ile yüz yüze gelir. Bu kolay bir görev değil, ama yine de hepsi sadece bir rüya...yoksa öyle mi?