„Akihabara@DEEP“ spielt in Tokios Otaku-Mekka Akihabara und erzählt die Geschichte von fünf Otaku, die aus der Gesellschaft aussteigen und schließlich ihr eigenes erfolgreiches IT-Unternehmen namens Crook gründen. Aber Nakagomi, Präsident eines einflussreichen Elektronikunternehmens namens Digital Capital, wird alles tun, um Crook in die Hände zu bekommen.