Situé à Akihabara, la Mecque des otaku à Tokyo, "Akihabara@DEEP" raconte l'histoire de cinq otaku qui abandonnent la société et finissent par fonder leur propre entreprise informatique appelée Crook. Mais Nakagomi, président d'une société d'électronique influente appelée Digital Capital, fera tout pour mettre la main sur Crook.