Kevin Keene, ein Teenager aus Northridge, Kalifornien, wird zusammen mit seinem Hund Duke in ein anderes Universum namens Videoland gebracht, um die böse Schurkin Mother Brain zu besiegen. Mother Brain versucht, Videoland zu erobern. Kevin wurde dazu gebracht, sie zu besiegen, wie es in einer alten Prophezeiung vorhergesagt wurde. Kevin erhält den Titel "Captain N: The Game Master". Er und Duke treten dem N-Team bei, das aus Prinzessin Lana (der Herrscherin von Videoland), Simon Belmont (dem Helden von Castlevania), Mega Man, Kid Icarus und Gameboy (einem riesigen Supercomputer) besteht. Das N-Team tritt gegen das böse Mother Brain (den Bösewicht von Metroid) und ihre Schergen King Hippo (Punch-Out), den Auberginen-Zauberer (Kid Icarus) und Dr. Wily (Mega Man) an. Diese Kräfte des Guten und des Bösen treten gegeneinander an und finden sich oft in komischen, urkomischen Situationen wieder.