Kevin Keene, um adolescente de Northridge, Califórnia, é levado a outro universo conhecido como Videoland, junto com seu cachorro, Duke, para derrotar a vilã malvada, Mother Brain. Mother Brain está tentando conquistar Videoland. Kevin foi trazido para derrotá-la, conforme predito em uma antiga profecia. Kevin recebe o título de "Capitão N: O Mestre do Jogo". Ele e Duke se juntam ao N Team, que consiste na Princesa Lana (o governante de Videoland), Simon Belmont (o herói de Castlevania), Mega Man, Kid Icarus e Gameboy (um supercomputador gigante). A Equipe N vai contra a malvada Mãe Cérebro (a vilã de Metroid) e seus asseclas, King Hippo (Punch-Out), o Eggplant Wizard (Kid Icarus) e o Dr. Wily (Mega Man). Essas forças do bem e do mal se enfrentam e frequentemente se encontram em situações cômicas e hilárias.