Digimon Frontier führt ein neues Universum in die Digimon-Fangemeinde ein. Fünf Kinder aus der Realen Welt wurden in die Digitale Welt gerufen, um die "legendären Geister" zu erlangen, um die Digitale Welt vor einem der 3 Heiligen Engel, Cherubimon, zu retten, der sich gegen die anderen beiden aufgelehnt hat. Takuya, der Held, Kouji, der Einzelgänger, Izumi, das Mädchen, Junpei, der komödiantische Entlastung, und Tomoki, das kleine Kind, sind die 5 Auserwählten Kinder aus der Realen Welt, die die legendären Geister nutzen müssen, um sich in die legendären Krieger selbst zu "Geist entwickeln". Können sie das Geheimnis hinter Cherubimons Rebellion entschlüsseln, bevor seine eigenen legendären Krieger sie ausschalten?