„Eco-Pirate“ erzählt die Geschichte eines Mannes, der die Mission hat, den Planeten und seine Ozeane zu retten. Der Film folgt einem professionellen radikalen Umweltschützer, Captain Paul Watson, der wiederholt gegen das Gesetz verstößt, um die seiner Meinung nach schwersten Gesetzesbrecher festzunehmen: die illegalen Wilderer der Welt. Unter Verwendung von Verité-Aufnahmen, die an Bord seines Schiffes aufgenommen wurden, als Framing-Gerät, untersucht der Dokumentarfilm Watsons persönliche Geschichte als Aktivist anhand von Archivmaterial und Interviews und enthüllt gleichzeitig die Auswirkungen dieser unerbittlichen Suche auf sein Privatleben. Von der Entstehung von Greenpeace bis zum Untergang eines Piraten-Walfangschiffs vor Portugal und von Zusammenstößen mit Fischern auf den Galapagosinseln bis hin zu Watsons jüngsten Kämpfen mit der japanischen Walfangflotte in der Antarktis zeichnet der Film das außergewöhnliche Leben der umstrittensten Persönlichkeit der Antarktis auf. Umweltschutzbewegung; das Heldenhafte, das Ego, die Dringlichkeit des ursprünglichen Öko-Piraten der Welt.