Ein Wind namens Amnesie ist ein postapokalyptischer Anime-Film, der in einer Welt spielt, in der die Menschheit durch einen mysteriösen Wind ihre Erinnerungen verloren hat. Die Menschen leben nun in einer primitiven Gesellschaft, ohne Erinnerungen an ihre Vergangenheit oder technologischen Fortschritte.
Die Geschichte folgt einem jungen Mann namens Wataru, der unerwartet seine Erinnerungen zurückgewinnt und versucht, die Welt zu verstehen. Auf seiner Reise trifft er auf eine geheimnisvolle Frau namens Sophia, die ebenfalls ihre Erinnerungen behalten hat und ihm hilft, die Wahrheit über die Vergangenheit der Menschheit zu entdecken.
Gemeinsam versuchen sie, die Menschheit vor einem erneuten Verlust ihrer Erinnerungen zu bewahren und die Welt zu einem besseren Ort zu machen.