Kingdom ist in der Joseon-Zeit angesiedelt. Der König erkrankt an Pocken und Gerüchte verbreiten sich, dass er tatsächlich gestorben ist. In der Zwischenzeit wird Kronprinz Lee Chang von dem Haewon Cho Clan, dem Clan der aktuellen schwangeren Königin und ihres Vaters, dem Chefstaatsrat Cho Hak Joo, als Verräter bezeichnet. Während er versucht, das Geheimnis um das Schicksal seines Vaters aufzudecken, begibt sich der Kronprinz mit seinem Wächter, Moo Young, nach Dongnae, um den Arzt Lee Seung Hui zu suchen, der seinen Vater behandelt hat. Dabei bleibt er mit der Assistenzärztin Seo Bi und dem mysteriösen Mann, Young Shin, in einem Dorf stecken, das von einer mysteriösen Krankheit geplagt wird.
Die zweite Staffel konzentriert sich auf die Ausbreitung der Seuche in mehreren Provinzen. In der Vorbereitung auf die Eindämmung des Ausbruchs kommt es zu einer verheerenden Enthüllung in Sangju. Mit dem Einsetzen der Winterzeit streifen die Untoten nun frei herum, aufgrund einer Veränderung der Umgebungstemperatur. In Angst vor den Auswirkungen einer bevorstehenden Invasion versucht Prinz Lee Chang, Unterstützung von seinen Verbündeten zu gewinnen, um die Untoten zu stoppen und sein Recht auf den Thron zurückzugewinnen.
Unwissend über den Prinzen braut sich innerhalb des korrupten Haewon Cho Clans eine weitere Verschwörung für politischen Gewinn zusammen. Während Königin Consort Cho plant, einen männlichen Neugeborenen zu stehlen, um ihn als Erben des königlichen Thrones zu festigen, orchestriert sie weiterhin eine letzte verzweifelte Strategie, um die Seuche gegen die Bürger von Hanyang einzusetzen, falls ihr früherer Plan scheitert.
Während die Katastrophe unter den Lebenden droht, bleibt nur eine Frage offen. Kann der Prinz sein Volk rechtzeitig retten und das politische Chaos in der Hauptstadt beenden oder wird die Seuche das Ende der Joseon-Dynastie markieren?