Kingdom se situe pendant la période Joseon. Le roi tombe malade de la variole et des rumeurs commencent à se répandre selon lesquelles il serait en fait décédé. Pendant ce temps, le prince héritier Lee Chang est étiqueté comme un traître par le clan Haewon Cho, le clan de la reine enceinte actuelle et de son père, le conseiller en chef Cho Hak Joo. Alors qu'il tente de découvrir le mystère de ce qui est arrivé à son père, le prince héritier se rend à Dongnae avec son garde, Moo Young, pour chercher le médecin Lee Seung Hui qui a traité son père, seulement pour se retrouver avec l'assistante médecin Seo Bi et l'homme mystérieux, Young Shin, dans un village ravagé par une maladie mystérieuse.
La deuxième saison se concentre sur la propagation de la maladie à travers plusieurs provinces. À l'approche de l'arrêt de l'épidémie, une révélation dévastatrice survient à Sangju. Avec l'arrivée de la saison hivernale, les hordes de morts-vivants errent désormais librement en raison d'un changement de température ambiante. Craignant les conséquences d'une invasion imminente, le prince Lee Chang tente de rassembler le soutien de ses alliés pour arrêter les morts-vivants et récupérer son droit au trône.
À l'insu du prince, une autre conspiration pour un gain politique se prépare au sein du clan corrompu Haewon Cho. Alors que la reine consort Cho complote pour voler un nouveau-né mâle afin de le consacrer comme héritier du trône royal, elle orchestre en outre une stratégie de la dernière chance pour utiliser la peste contre les citoyens de Hanyang, si son plan initial échoue.
Alors que la calamité plane parmi les vivants, une seule question demeure. Le prince pourra-t-il sauver son peuple à temps et mettre fin aux troubles politiques à la capitale ou la peste marquera-t-elle la fin de la dynastie Joseon?