Die Geschichte von Warhead handelt von einem geheimen Militärprojekt, das eine neue Art von Waffe entwickelt hat. Diese Waffe, genannt Warhead, hat das Potenzial, ganze Städte zu zerstören und das Gleichgewicht der Macht auf der Welt zu verändern.
Als die Existenz von Warhead an die Öffentlichkeit gelangt, bricht Panik aus und verschiedene Regierungen versuchen, die Kontrolle über die Waffe zu erlangen. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, um zu verhindern, dass Warhead in die falschen Hände gerät.
Die Hauptfigur der Geschichte, ein ehemaliger Soldat namens John, wird in die Mission involviert, Warhead zu finden und zu zerstören, bevor es zu spät ist. Auf seinem Weg muss er sich mit Verrat, Intrigen und gefährlichen Feinden auseinandersetzen, um die Welt vor einer Katastrophe zu bewahren.