Die Mystery Inc.-Gang reist zu Daphnes Martial-Arts-Turnier nach Japan und stößt auf das Geheimnis der Schwarzen Samurai. Der einzige Weg, ihn zu besiegen, besteht darin, Rätsel zu lösen und Ninjas zu bekämpfen, und diejenigen, von denen Sie am wenigsten erwarten würden, dass sie am Ende den Tag retten.