Dieser prähistorische Tyrann, König Koopa, ist in einem fliegenden Schiff des Untergangs in das Pilzkönigreich zurückgekehrt. Diesmal wird er von seinen sieben brutalen, bösen Kindern begleitet: Wendy O. Koopa, Morton Koopa Jr., Roy Koopa, Iggy Koopa, Lemmy Koopa, Ludwig Von Koopa und Larry Koopa. Sie haben sieben Zauberstäbe von den sieben Königen der sieben Welten gestohlen: Grass Land, Desert Land, Water Land, Giant Land, Sky Land, Iced Land und Pipe Maze. Also machen sich Mario und Luigi auf den Weg, um die Koopas aufzuhalten. Neue Funktionen stehen ihnen dabei zur Seite: Die einfache Berührung eines Blattes kann Mario oder Luigi in einen halben Waschbären verwandeln und ihnen das Fliegen ermöglichen. Wenn sie einen Waschbäranzug erhalten, können sie sich kurzzeitig in eine Statue verwandeln und mehr. Das Schicksal des Pilzkönigreichs liegt in den Händen der Mario Brothers. Können sie die sieben Koopa-Kinder und sogar König Koopa selbst besiegen?