Ce tyran préhistorique, le roi Koopa, est revenu au Royaume Champignon dans un vaisseau volant. Cette fois, il est accompagné de ses sept enfants méchants et méchants : Wendy O. Koopa, Morton Koopa Jr., Roy Koopa, Iggy Koopa, Lemmy Koopa, Ludwig Von Koopa et Larry Koopa. Ils ont volé sept baguettes aux sept rois des sept mondes : Grass Land, Desert Land, Water Land, Giant Land, Sky Land, Iced Land et Pipe Maze. Mario et Luigi partent donc arrêter les Koopas. De nouvelles fonctionnalités sont à leur secours : le simple toucher d'une feuille peut transformer Mario ou Luigi en mi-raton laveur et cela leur permet de voler. S'ils obtiennent un costume de raton laveur, ils peuvent brièvement se transformer en statue, et plus encore. Le destin du Royaume Champignon est entre les mains des Mario Brothers. Peuvent-ils vaincre les sept enfants Koopa et même le roi Koopa lui-même ?