Ein Schwarzes Loch bedroht das Universum, Optimus Prime und die Autobots müssen auf die Erde fliehen und ihre Existenz vor den Bewohnern verbergen. Die Autobots werden von dem alten Autobot namens Vector Prime besucht, der ihnen sagt, dass der einzige Weg, das Schwarze Loch zu stoppen, darin besteht, die 4 Cyber Planet Keys zu finden. Der böse Megatron und seine Decepticons sind jedoch auch hinter den Cyber Planet Keys her. Sie müssen ihre Standorte auf der Erde, dem Geschwindigkeitsplaneten, dem Dschungelplaneten und dem Riesenplaneten finden, um das Schicksal des Universums zu bestimmen.