El error de ráfaga de Eva se establece en el Japón actual. El jugador controla dos personajes: un joven investigador privado Kojiroh, aparentemente descuidado, y la agente especial Marina. Kojiroh ha estado luchando para ganarse la vida como un investigador privado solitario, pero ahora la suerte parece sonreírle: el director de la Escuela Internacional Eldian, Sr. Ko, le pide que encuentre una pintura perdida, supuestamente de gran valor. Al mismo tiempo, Marina es contratada por el embajador de la ficticia república de Oriente Medio Eldia para proteger a su hija Mayako de los terroristas. Al cambiar entre Kojiroh y Marina, el jugador descubre gradualmente la conexión entre los dos casos y se sumerge más profundamente en un misterio que involucra luchas políticas, descubrimientos científicos y horribles asesinatos.