Gandahar es un mundo utópico de rara belleza y tranquilidad, el resultado de una extensa mutación y experimentación genética. Pero la paz perfecta se rompe cuando una misteriosa fuerza maligna invade esta idílica serenidad, convirtiendo a la gente en piedra con rayos petrificantes. El Consejo de Mujeres celebra la corte y decide enviar a Sylvain, hijo de la reina Ambisextra, en una misión para destruir al enemigo. Junto con la hermosa y aventurera Arielle, el enemigo que Sylvain finalmente descubre muy lejos de su hogar es el fracaso definitivo de la experimentación científica de Gandahar. Es un cerebro gigante conocido como Metamorphis, que ha creado un ejército indestructible de hombres de metal para destruir a Gandahar. Sylvain debe luchar contra Metamorphis, pero no hasta 1000 años en el futuro.