Después de los eventos en el mundo anillo Forerunner Halo, el Jefe Maestro SPARTAN-117 regresa a la Tierra con la construcción de IA Cortana. La guerra con las fuerzas del Covenant todavía no va bien, a pesar de la destrucción de una flota completa en Halo, pero el Jefe Maestro necesita una reparación. Armado con la armadura Mjolnir Mark VI, se dirige a una ceremonia de condecoración con el sargento Johnson, que se cree que está muerto, cuando las fuerzas del Covenant emergen del Slipstream al espacio terrestre. Pero algo anda mal: la flota es mucho más pequeña que la que se usó para destruir Reach, el antiguo bastión de primera línea de la humanidad. El Jefe Maestro y Cortana, junto con la Comandante Miranda Keyes y la tripulación de In Amber Clad, deben luchar contra el Covenant y proteger la Tierra, una batalla que los llevará a través de la galaxia a un nuevo planeta, que es inquietantemente familiar ... Mientras tanto , los Profetas, líderes del Covenant, no están contentos con el Comandante de Élite que permitió que el Jefe Maestro destruyera a Halo, y lo tildan de hereje ...