Cinco años después de la rebelión en Marte, Alias, un soldado empleado por el Canciller Sopot, roba nanotecnología que Sopot utiliza para convertir a sus hombres en supersoldados. Él vio lo que creó y lo temió. Ordenó que fueran asesinados. 2,000 soldados fueron asesinados por la guardia de élite de Sopot. Sin embargo, seis soldados sobrevivieron. Ellos son Molov, el líder del escuadrón; Shrike, especialista en vehículos; Tangier, especialista en sigilo; Repta, especialista en armas pesadas; Quill, un francotirador experto; y Alias, quien es hábil con las demoliciones.
Alias sigue y logra hacer explotar a Sopot por venganza en un silo de misiles, pero las cosas se complican cuando Molov decide convertirse en el nuevo canciller con la Red Faction, con quienes se habían aliado previamente, siendo masacrados. Repta, Quill y Shrike se unen a él, pero Alias, Tangier y Echo, líder de la Red Faction, no lo hacen.
Luego la ciudad es asaltada por la Red Faction. Molov planea crear supersoldados con nanotecnología. Echo es entonces disparada con una carga de riel por Quill. Alias la rastrea y la mata. Luego llega a una estatua de Sopot, donde está el laboratorio de nanotecnología. Dispara a Repta en un procesador industrial. Cuando está a punto de llegar a Molov, Repta reaparece deformado pero mejorado. Alias dispara a Repta, quien tiene una migraña y explota.
Finalmente, Alias y Tangier alcanzan a Molov. Shrike traiciona a Molov y viene en ayuda de Alias. Tangier salta de la estatua con la Nanocélula. Alias mata a Molov y escapa con la ayuda de Shrike.