Un grupo llamado Mobius está llevando a cabo un proyecto para crear al soldado perfecto. Su último intento al que llaman J tipo Omega o J*O*E. El proyecto está supervisado por dos científicos, uno de ellos es Michael Rourke y un ex Coronel de la Marina A.C. Fleming.
Ahora Joe es más rápido, más fuerte y más resistente que cualquier humano, pero le falta una cosa que Mobius considera necesaria - un instinto asesino. Cuando Joe falla repetidamente en ejecutar a alguien, el proyecto es considerado un fracaso y Joe debe ser terminado.
Pero Fleming, quien piensa en Joe como un hijo, se muestra reacio a llevarlo a cabo, y Michael Rourke, quien no cree que Joe sea un fracaso, lo toma y lo esconde en algún lugar, donde Rourke puede enseñarle a Joe sobre el mundo fuera de Mobius.
Ofrecen sus servicios como soldados de fortuna. Cuando una de sus operaciones llega a Mobius, todavía quieren que Joe sea terminado, así que envían al Coronel Fleming para llevarlo a cabo. Pero ¿realmente lo hará?