Um grupo chamado Mobius está conduzindo um projeto para criar o soldado perfeito. Sua última tentativa, a quem eles chamam de J tipo Omega ou J*O*E. O projeto é supervisionado por dois cientistas, um deles é Michael Rourke e um ex-coronel da Marinha A.C. Fleming.
Agora Joe é mais rápido, mais forte e mais durável do que qualquer humano, mas ele carece de uma coisa que Mobius considera necessária - um instinto assassino. Quando Joe repetidamente falha em executar alguém, o projeto é considerado um fracasso e Joe deve ser terminado.
Mas Fleming, que pensa em Joe como um filho, reluta em realizar a tarefa, e Michael Rourke, que não acha que Joe é um fracasso, o leva e o esconde em algum lugar, onde Rourke pode ensinar Joe sobre o mundo fora da Mobius.
Eles oferecem seus serviços como soldados da fortuna. Quando uma de suas operações chega à Mobius, eles ainda querem que Joe seja terminado, então enviam o Coronel Fleming para realizar a tarefa. Mas ele realmente vai fazer isso?