Moviendo entre historias e imágenes representacionales, esta meditación sobre la vida y la muerte se centra en el concepto del mítico Árbol de la Vida que se dice que otorga la inmortalidad a todos los que beben de su savia. En una de las líneas temporales alegóricas de la película, un conquistador español del siglo XVI interpretado por Hugh Jackman se embarca en la búsqueda del árbol para salvar a su reina (Rachel Weisz) de la Inquisición.
Otra historia conceptual encuentra a Jackman siglos más tarde, luchando con la mortalidad como un científico de la época moderna que busca desesperadamente el avance médico que salvará la vida de su esposa enferma de cáncer, Izzi.
El tercer concepto, el más abstracto, encuentra a Jackman como una encarnación diferente del mismo personaje-idea, esta vez en busca de la vida eterna dentro de una esfera flotante que transporta el envejecido Árbol de la Vida a través de las profundidades del espacio.