Timothy Brisby, ahora Timmy, deja a su familia para entrenar con las ratas de NIMH en Thorn Valley. Conoce a Jenny, un ratón de la misma edad que él, quien revela que su familia es parte de "Los Seis Perdidos" que no escapó del NIMH. Timmy sospecha que su hermano desaparecido también está detenido en el NIMH y se embarca en una misión de rescate con Jenny mientras se encuentra con viejos y nuevos amigos en el camino.