Timothy Brisby, ora Timmy, lascia la sua famiglia per allenarsi con i ratti di NIMH a Thorn Valley. Incontra Jenny, un topo della sua stessa età, che rivela che la sua famiglia fa parte di "The Lost Six" che non è sfuggita al NIMH. Timmy sospetta che anche suo fratello scomparso sia detenuto al NIMH e si imbarca in una missione di salvataggio con Jenny incontrando vecchi e nuovi amici lungo la strada.