El director del clip de "Just like a Pill" fue Francis Lawrence. El clip de la canción es significativamente diferente de los clips Pink anteriores. "Get the Party Started" y "Don't Let Me Get Me" fueron de naturaleza más clara que en la atmósfera más oscura, como se refleja en el video "Just like a Pill", por ejemplo, el hecho de que Pink se puede ver en ropa negra a lo largo de todo el clip. En la primera escena, Pink yace en el suelo. En el coro canta delante de la banda. Ella también aparece en una escena con conejos blancos por toda la habitación, y en otra escena, se la muestra con un elefante. También hay escenas en las que Pink canta frente y entre diferentes personas. En la segunda mitad del clip, ella corre por el pasillo, aparece la canción y luego desaparece en la puerta brillante al final del clip.