O diretor do clipe de "Just like a Pill" foi Francis Lawrence. O clipe da música é significativamente diferente dos clipes anteriores do Pink. "Get the Party Started" e "Don't Let Me Get Me" eram mais leves na natureza do que na atmosfera mais escura, como refletido no vídeo "Just like a Pill", por exemplo, o fato de que Pink pode ser visto em roupas pretas ao longo de todo o clipe. Na primeira cena, Pink está no chão. No refrão ela canta na frente da banda. Ela também aparece em uma cena com coelhos brancos por toda a sala, e em outra cena, ela é mostrada com um elefante. Também há cenas em que Pink canta na frente e entre pessoas diferentes. Na segunda metade do clipe, ela corre pelo corredor, aparece a música e depois desaparece na porta iluminada no final do clipe.