Todo comenzó con una leyenda transmitida por la Gente del Agua: en algún lugar de este mundo, hay un Templo del Mar creado por la Gente del Agua. El Templo del Mar contiene un tesoro escondido llamado Corona del Mar, pero nadie ha visto nunca la Corona del Mar, ni siquiera el Templo del Mar, porque el templo está protegido por un mecanismo secreto. El templo se desplaza a través de un vasto océano sin ser detectado, esperando - esperando ... Ash y Pikachu conocen a Lizabeth, una descendiente de la Gente del Agua, y aprenden sobre la leyenda. También conocen a Jackie, un Pokémon Ranger en una misión secreta para proteger un huevo de Manaphy (a Manaphy se le conoce misteriosamente como El Príncipe del Mar) y también encuentran el Templo del Mar. El Fantasma planea obtener la Corona del Mar y conquistar el mundo, pero primero necesita el huevo de Manaphy. Ahora Lizabeth y Ash deben ayudar a Jackie a proteger el huevo y detener al infame pirata.