Alles begann mit einer Legende, die von den Menschen des Wassers weitergegeben wurde - Irgendwo auf dieser Welt gibt es einen Meerestempel, der von den Menschen des Wassers geschaffen wurde. Der Meerestempel enthält einen verborgenen Schatz namens Meereskrone, aber niemand hat jemals die Meereskrone oder sogar den Meerestempel gesehen, weil der Tempel durch einen geheimen Mechanismus geschützt ist. Der Tempel treibt unentdeckt durch einen riesigen Ozean und wartet – wartet … Ash und Pikachu treffen auf Lizabeth, eine Nachfahrin der Menschen des Wassers, und erfahren mehr über die Legende. Sie treffen auch Jackie, einen Pokémon Ranger auf einer geheimen Mission, um ein Manaphy-Ei zu beschützen (Manaphy ist auf mysteriöse Weise als Der Prinz des Meeres bekannt) und finden auch den Meerestempel. Das Phantom plant, die Sea Crown zu erlangen und die Welt zu erobern – aber zuerst braucht er das Manaphy-Ei. Jetzt müssen Lizabeth und Ash Jackie helfen, das Ei zu beschützen und den ruchlosen Piraten aufzuhalten.