En Project A-Ko Versus, la ciudad de Graviton City se encuentra en peligro una vez más. Esta vez, un misterioso villano ha aparecido y está causando estragos en la ciudad. La única esperanza de detenerlo recae en las manos de A-Ko y B-Ko, dos jóvenes con habilidades extraordinarias.
La batalla entre el bien y el mal se intensifica a medida que A-Ko y B-Ko se enfrentan al villano en una serie de emocionantes combates. Sin embargo, el villano resulta ser más poderoso de lo que esperaban, poniendo en peligro no solo la ciudad, sino también a todos sus habitantes.
Con la ayuda de sus amigos y aliados, A-Ko y B-Ko deberán unir fuerzas y utilizar todo su poder para derrotar al villano de una vez por todas. ¿Podrán salvar a Graviton City y restaurar la paz en la ciudad?