La trama de esta nueva aventura de alta velocidad depende del equipo que elijas. Team Sonic (Sonic, Tails y Knuckles) recibe una carta de Eggman que dice que solo tienen 72 horas hasta que Eggman desate su nuevo y mejorado dispositivo Doomsday Metal Sonic en el mundo. Mientras tanto, Rouge está volando y encuentra a Shadow (¡sí, ha vuelto!) Y E-123 Omega encapsulado. Omega está furioso porque Eggman se deshizo de él, y Shadow se deshace de todos los recuerdos, y quiere que Eggman descubra lo que realmente le sucedió. Así, se hace Team Dark. Amy lee en el periódico sobre Sonic que persigue a Eggman. Amy está enojada con Sonic porque no la trajeron. Big The Cat una vez más está buscando a su rana Froggy, y Cream The Rabbit está buscando a Chocolate, el gemelo de Cream's Chao. ¡Aquí viene el equipo Rose! El equipo Chaotix (Vector, Espio y Charmy) ha formado una agencia de detectives y se le ha ofrecido una gran paga si investigan un caso misterioso. Vector ve esto como una oportunidad para burlar a Eggman y ...