En el año 2050 d.C., y la humanidad ha avanzado constantemente en su tecnología espacial. Sin embargo, el planeta es repentinamente atacado por un enemigo misterioso: las fuerzas de Eldar, que vinieron del futuro. En su tiempo, 2300 d.C., su planeta Eldar fue invadido por la Tierra y profundamente derrotado por la Energía Trinitaria de la Tierra, una energía misteriosa utilizada en su armamento. Por lo tanto, la gente Eldar viaja al pasado para robar esta Energía Trinitaria antes de que pueda usarse contra ellos. Las fuerzas Eldar comienzan tomando el control de la luna de Júpiter, Io, uno de los lugares a los que la humanidad ha emigrado para entonces. Después de eso, comienzan a atacar Trinity City con sus legiones de Cosmosauruses para robar la Trinity Energy. Toshiya y sus amigos usan a Dios Sigma para proteger el planeta y la Energía de la Trinidad, y la batalla se convierte en una larga guerra para retomar Io.