En l'an 2050 après JC, l'humanité a fait progresser régulièrement sa technologie spatiale. Cependant, la planète est soudainement attaquée par un mystérieux ennemi : les forces d'Eldar, venues du futur. À leur époque, en 2300 après JC, leur planète Eldar a été envahie par la Terre et vaincue par l'énergie trinitaire de la Terre, une énergie mystérieuse utilisée dans leur armement. Les Eldars voyagent donc dans le passé pour voler cette énergie de la Trinité avant qu'elle ne puisse être utilisée contre eux. Les forces Eldar commencent par prendre le contrôle de la lune Io de Jupiter, l'un des endroits où l'humanité a immigré à ce moment-là. Après cela, ils commencent à attaquer Trinity City avec leurs légions de Cosmosaurus afin de voler l'énergie Trinity. Toshiya et ses amis utilisent God Sigma pour protéger la planète et l'énergie de la Trinité, et la bataille se transforme en une longue guerre pour reprendre Io.