Tras una misión en Islandia, el agente de Third Echelon, Sam Fisher, que ha estado realizando misiones secretas durante años, se entera de que su hija, Sarah, murió en un accidente automovilístico. Su muerte deja a Sam angustiado, y su jefe, Irving Lambert, en un esfuerzo por enderezarlo, le asigna a Sam un tipo de misión que nunca había hecho antes: Sam Fisher debe ir de incógnito en una organización terrorista conocida como JBA (Ejército de John Brown). ) que busca derrocar al gobierno estadounidense por cualquier medio necesario. Durante su misión, Sam debe asegurarse de que hasta que detenga el JBA, no debe volar su tapadera.