A seguito di una missione in Islanda, l'agente Sam Fisher della Third Echelon, che svolge da anni missioni top secret, scopre che sua figlia, Sarah, è rimasta uccisa in un incidente d'auto. La sua morte lascia Sam angosciato e il suo capo, Irving Lambert, nel tentativo di risolverlo, assegna Sam a un tipo di missione che non ha mai fatto prima: Sam Fisher deve andare sotto copertura in un'organizzazione terroristica nota come JBA (John Brown's Army ) che cerca di rovesciare il governo americano con ogni mezzo necessario. Durante la sua missione, Sam deve assicurarsi che fino a quando non interrompe la JBA, non deve far saltare la sua copertura.