Han pasado dos años desde la incursión del CCG en Anteiku. Aunque la atmósfera en Tokio ha cambiado drásticamente debido a la mayor influencia del CCG, los ghouls continúan planteando un problema ya que han comenzado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Aogiri Tree, que reconoce la creciente amenaza del CCG a su existencia. La creación de un equipo especial, conocido como Quinx Squad, puede proporcionar al CCG el impulso que necesitan para exterminar a los residentes no deseados de Tokio. Como humanos que se han sometido a una cirugía para hacer uso de las habilidades especiales de los ghouls, participan en operaciones para erradicar a las peligrosas criaturas. El líder de este grupo, Haise Sasaki, es mitad ghoul, mitad humano que ha sido entrenado por el famoso investigador de clase especial, Kishou Arima. Sin embargo, hay más en este joven de lo que se ve a simple vista, mientras recuerdos desconocidos arañan su mente, recordándole lentamente a la persona que solía ser.