Sono passati due anni dall'incursione del CCG all'Anteiku. Sebbene l'atmosfera a Tokyo sia cambiata drasticamente a causa della maggiore influenza del CCG, i ghoul continuano a rappresentare un problema mentre hanno iniziato a prestare attenzione, in particolare l'organizzazione terroristica Aogiri Tree, che riconosce la crescente minaccia del CCG alla loro esistenza. La creazione di una squadra speciale, nota come Squadra Quinx, potrebbe fornire al CCG la spinta di cui ha bisogno per sterminare i residenti indesiderati di Tokyo. Come esseri umani che hanno subito un intervento chirurgico al fine di utilizzare le abilità speciali dei ghoul, partecipano alle operazioni per sradicare le creature pericolose. Il leader di questo gruppo, Haise Sasaki, è un mezzo ghoul e mezzo umano che è stato addestrato dal famoso investigatore di classe speciale, Kishou Arima. Tuttavia, c'è di più in questo giovane di quanto sembri, mentre ricordi sconosciuti gli artigliano la mente, ricordandogli lentamente la persona che era.