La trama de Watch Dogs es que Aiden Pearce es un hacker que ha pirateado un sistema llamado ctOS (Central Operating System). Cuando Aiden lleva sus habilidades de pirateo demasiado lejos y piratea a las personas equivocadas, toman represalias matando a su sobrina, pero Aiden Pearce jura vengarse de ctOS y de todos los que lo controlan. Con su nuevo poder ganado, ahora puede encontrar y matar a todos los que controlan ctOS y terminar con el sistema.