La trama di Watch Dogs è Aiden Pearce è un hacker che ha violato un sistema chiamato ctOS (Central Operating System). Quando Aiden si spinge troppo oltre le sue capacità di hacker e hackera le persone sbagliate, si vendicano uccidendo sua nipote, ma Aiden Pearce giura vendetta su ctOS e su tutti coloro che lo controllano. Con il suo nuovo potere acquisito ora può trovare e uccidere tutti coloro che controllano ctOS e terminare il sistema.