En un futuro distópico, la humanidad ha sido diezmada por un virus mortal y la civilización se ha reducido a una ciudad amurallada llamada Bregna. En este mundo post-apocalíptico, una misteriosa asesina conocida como Æon Flux se convierte en la esperanza de la resistencia contra el opresivo gobierno de Bregna.
Æon Flux es una hábil guerrera que desafía las reglas establecidas y se infiltra en las altas esferas del poder para descubrir la verdad detrás de la sociedad en la que vive. Con su destreza física y mental, Æon se convierte en una amenaza para el régimen autoritario de Bregna, liderado por el enigmático Trevor Goodchild.
La historia de Æon Flux es un viaje de intriga, acción y traición, donde la protagonista se enfrenta a peligrosos enemigos y descubre oscuros secretos que pondrán en peligro su vida y la de aquellos que la rodean. ¿Podrá Æon Flux derrocar al gobierno de Bregna y liberar a la humanidad de su opresión?