Alexandrie, 391 après J.-C.: Hypatie enseigne l'astronomie, les mathématiques et la philosophie. Son élève Oreste est amoureux d'elle, tout comme Davus, son esclave personnel.
Alors que les Chrétiens de la ville, menés par Ammonius et Cyril, gagnent en pouvoir politique, les institutions d'apprentissage pourraient s'effondrer avec la gouvernance de l'esclavage.
Vingt ans plus tard: Oreste, le préfet de la ville, entretient une paix fragile avec les Chrétiens, dirigés par Cyril. Un groupe de Chrétiens nouvellement puissants s'est maintenant engagé à imposer leur hégémonie culturelle avec zèle; d'abord ils voient les Juifs comme leur obstacle, puis les non-croyants.
Hypatie n'a aucun intérêt pour la foi; elle se préoccupe du mouvement des corps célestes et de "la fraternité de tous". Bien que son ancien esclave ne voit pas les choses de cette manière.