Roukaia, une petite fille de deux ans d'Alexandrie, en Égypte, a reçu sa condamnation à mort le jour de sa naissance. En raison d'une combinaison d'anomalies cardiaques, le corps de Roukaia est incapable de pomper suffisamment de sang à travers son corps. En conséquence, sa peau devient de plus en plus bleue chaque jour qui passe. Finalement, ses organes vitaux échoueront, mais pas avant qu'elle n'ait vécu une demi-vie de croissance entravée et d'inactivité. C'est le destin de centaines de milliers de personnes. Chaque année en Égypte seulement, 20 000 enfants sont diagnostiqués avec une maladie cardiaque congénitale.
Aujourd'hui, les médecins du monde entier commencent à tenter la chirurgie cardiaque pédiatrique, mais cette courbe d'apprentissage est progressive et les opérations sont souvent infructueuses. L'année dernière en Égypte, plus de la moitié de tous les patients cardiaques pédiatriques sont décédés sur la table d'opération. Dans le but de réduire ce taux de mortalité élevé, les médecins en Égypte font appel à quiconque pour leur montrer comment travailler en équipe.
"Baby Blue" est une course contre la montre; pour la guérison de Roukaia et pour deux équipes cardiaques de deux côtés opposés du monde, qui doivent apprendre à travailler ensemble afin de sauver des milliers d'enfants cyanotiques, qui attendent dans une file d'attente qui est finalement plus longue que leur durée de vie.