Train Heartnet est un célèbre assassin connu sous le nom de Black Cat. Il travaille pour Chronos, une organisation qui contrôle secrètement le monde. Cependant, il commence à remettre en question la moralité de ses actions après s'être lié d'amitié avec deux chasseurs de primes nommés Saya et Sven, un voleur nommé Rinslet et une jeune fille nommée Eve.