Quelque part en dehors de l'orbite terrestre, Uka Uka organise une "convention de méchants" dans la nouvelle station spatiale du Dr Neo Cortex. Il n'est pas satisfait du manque de productivité perverse des méchants et ils concluent que Crash Bandicoot est à blâmer. Cortex révèle que dans ses efforts scientifiques, il a été capable de créer une super-arme génétiquement avancée d'une force incroyable nommée Crunch Bandicoot. Mais il a besoin d'une source d'énergie pour lui donner vie. Ils décident de libérer un groupe de masques renégats appelés les Elementals de leur état d'hibernation afin que Cortex puisse terminer Crunch Bandicoot et effacer Crash Bandicoot de la surface de la Terre pour toujours. Pendant ce temps, Crash et ses copains profitent de quelques rayons sur la plage, quand l'enfer se déchaîne. Les volcans entrent en éruption, les tornades font rage et les tremblements de terre grondent. Aku Aku dit à Crash et Coco que la seule façon d'arrêter la nature destructrice des Élémentaux est de les emprisonner avec l'utilisation d'anciens cristaux dispersés à travers la Terre. Coco crée une chambre de portail qui les emmènera à différents points de la Terre pour récupérer les cristaux et arrêter le complot des élémentaires pour détruire la planète. C'est à Crash et Coco de braver les éléments de la nature et de détruire la super-arme de Cortex.