Dünya yörüngesinin dışında bir yerde, Uka Uka, Dr. Neo Cortex'in yeni uzay istasyonunda bir "kötü adam kongresi" düzenliyor. Kötü adamların şeytani üretkenlik eksikliğinden memnun değil ve Crash Bandicoot'un suçun olduğu sonucuna varıyorlar. Cortex, bilimsel çabalarında, Crunch Bandicoot adında, genetik olarak gelişmiş, inanılmaz güçte bir süper silah yaratmayı başardığını ortaya koyuyor. Ama onu hayata döndürmek için bir güç kaynağına ihtiyacı var. Cortex'in Crunch Bandicoot'u tamamlayabilmesi ve Crash Bandicoot'u Dünya'nın yüzünden sonsuza dek silebilmesi için Elementals adlı bir grup dönek maskesini kış uykusu durumundan çıkarmaya karar verirler. Bu arada, Crash ve arkadaşları, kıyamet koptuğunda, sahilde birkaç ışınları ıslatıyorlar. Volkanlar patlıyor, hortumlar şiddetleniyor ve depremler gürlüyor. Aku Aku, Crash ve Coco'ya Elementallerin yıkıcı doğasını durdurmanın tek yolunun onları Dünya'ya dağılmış antik kristalleri kullanarak hapsetmek olduğunu söyler. Coco, kristalleri almak ve Elementallerin gezegeni yok etme planını durdurmak için onları Dünyanın farklı noktalarına götürecek bir Portal Odası yaratır. Doğanın unsurlarını cesaretlendirmek ve Cortex'in süper silahını yok etmek Crash ve Coco'ya kalmış.