Copenhague, Danemark, 1926. Einar Wegener et sa femme Gerda sont un couple heureusement marié. Les deux sont des artistes, Einar préférant les paysages et elle les portraits. Un jour, Einar pose pour un portrait de Gerda en portant une robe. Cela est initialement fait pour s'amuser, tout comme sa présence ultérieure à une fête déguisée en femme. Cependant, Einar découvre bientôt qu'elle est en fait une femme et préfère être Lili. Au début, elle et Gerda essaient de faire "guérir" sa situation mais cela ne mène nulle part (sinon à de nombreux médecins essayant de faire interner Lili en tant que pervers et/ou lunatique). Son voyage de découverte de soi la mènera finalement à subir la première opération de changement de sexe jamais réalisée.