Un matin, Donkey Kong se réveille et découvre que tout son trésor de bananes a été volé. Il découvre également que son ami Diddy a été mis dans un tonneau. Donkey sauve Diddy et ensemble, ils partent à la recherche de qui a fait ça. Le roi K. Rool, roi de l'armée du Kremling, la terreur de Donkey Kong Country, a réellement commis l'acte. Donkey et Diddy doivent braver des mines, des forêts, des cimes d'arbres, des lacs, des usines, des grottes, des glaciers, des ruines antiques et un bateau pirate, et obtenir l'aide de leurs amis Rambi le rhinocéros, Enguarde l'espadon, Winky la grenouille, Expresso l'autruche, et couine le perroquet. En travaillant en équipe, Donkey Kong et Diddy Kong doivent combattre des ennemis furieux comme Klump le général de l'armée de Kremling, Krusha l'Arnold Schwarze-Kremling, Klap Trap (bien qu'il soit petit, il a une méchante mâchoire), Krash le chariot de mine conduisant Kremling (qui conduit comme un maniaque sur les pistes de la mine alors attention !), Croctopus l'être maléfique dans les lacs, Gnawty le castor et le méchant roi K. Rool lui-même. En cours de route, obtenez l'aide de vos camarades de la famille Kong comme Cranky qui offrira ses conseils ainsi que le sarcasme, Funky qui peut utiliser son avion-baril pour vous envoyer aux niveaux que vous avez déjà terminés, et Candy qui peut sauvegarder votre partie pour vous. C'est à vous de sauver la journée.