C'est l'année 2015, la dernière ère où règne encore la magie. Caldea est une organisation créée pour observer le monde magique et le monde de la science - ainsi que pour empêcher l'extinction finale de l'humanité. L'humanité est garantie au moins 100 ans de plus, c'est-à-dire jusqu'à ce que le royaume futur observé par Caldea disparaisse dans les airs. Caldea est maintenant sûre que l'humanité ne vivra pas au-delà de 2017, tout pense aux événements qui se sont déroulés dans la ville japonaise de Fuyuki en 2004. L'organisation émet un Grand Ordre pour une "Expédition du Saint Graal" pour enquêter, découvrir et peut-être détruire la singularité responsable de la disparition de l'humanité.