È l'anno 2015, l'era finale su cui la magia ha ancora dominato. Caldea è un'organizzazione fondata per osservare il mondo magico e il mondo della scienza, nonché per prevenire l'estinzione finale dell'umanità. All'umanità sono garantiti almeno altri 100 anni, cioè fino a quando il futuro regno osservato da Caldea svanirà nel nulla. Caldea è ora sicura che l'umanità non vivrà oltre il 2017, tutti pensano agli eventi che si svolgeranno nella città giapponese di Fuyuki nel 2004. L'organizzazione emette un Grande Ordine per una "Spedizione del Sacro Graal" per indagare, scoprire e forse distruggere la singolarità responsabile della distruzione dell'umanità.