Fudoh: The New Generation se situe sur l'île de Kyushu et raconte l'histoire de Riki Fudoh, un lycéen à succès qui mène une double vie dans le crime organisé.
Avec sa bande de jeunes assassins (précurseurs des tueurs en herbe de Dead or Alive 2 (2000), comprenant des enfants de cinq ans armés de pistolets et une strip-teaseuse adolescente tirant des fléchettes mortelles de son vagin), il contrôle non seulement les activités de son école, mais aspire également à prendre le contrôle des affaires criminelles sur toute l'île.
Les véritables motivations de Fudoh ne se limitent pas à une simple soif de pouvoir. Un long flash-back au début du film montre comment, enfant, il a été témoin du meurtre horrible de son frère aîné aux mains de son père boss yakuza et de son désir de vengeance ultérieur.
Des seaux de sang coulent (au sens propre) lorsque Riki et les enfants lancent une campagne d'assassinat contre les figures de proue du yakuza local, avec son père comme objectif ultime.
Le monde souterrain entre en état de panique et fait appel à Nohma, un résolveur de problèmes mystérieux et puissant. Pendant ce temps, le père de Riki envoie sa propre arme sous la forme d'un ancien agent gouvernemental, qui se fait passer pour le professeur de gymnastique du lycée et utilise des méthodes encore plus violentes que celles des sbires de Fudoh.